La sezione antica dell'Archivio comunale venne depositata nel 1962 presso l'Archivio di Stato di Ferrara; nel 2008 è stata restituita al Comune di Ferrara e da allora è conservata nei locali dell'Archivio Storico.
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L'archivio comunale moderno, contiene documentazione dal XVIII al XX secolo.
Alcune serie, tuttavia, coprono un arco cronologico che attraversa senza soluzione di continuità il periodo della dominazione francese.
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L'Archivio custodisce materiali delle seguenti famiglie: Famiglia Estense Tassoni (sec. XI-XIX); Famiglia Giglioli (sec. XIV-XX); Famiglia Muzzarelli Brusantini (1234-fine sec. XIX); Famiglia Ravenna Tumiati (1810-2011); Famiglia Romei (1315-1831); Famiglia Saracco Riminaldi (1361-1964); Famiglia Trotti Estense Mosti (1331-sec. XIX); Famiglia Cotichini (sec. XX).
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Fondi archivistici relativi a singole persone: Michelangelo Antonioni (1928-2008); Giovanni Battista Boldrini (sec. XVIII-XIX); Antonio Finotti (sec. XVIII-XX); Giorgio Franceschini; Giovanni Martinelli (1861-1918); Deodato Papasian (sec. XIX); Timoteo Pasini (sec. XVIII); Luigi Davide Mantovani (sec. XX, con materiali antichi); Carlo Bassi (sec. XX).
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Fondi archivistici prodotti da enti e associazioni conservati presso l’Archivio Storico Comunale di Ferrara
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Collezioni eterogenee di materiali documentari e bibliografici conservati nell’Archivio Storico Comunale di Ferrara, come il Fondo familiare antico (raccolta di fascicoli su famiglie e personaggi ferraresi), Frammenti (documenti vari dall’XI-XIX sec.), la Raccolta Giuseppe Antonelli (materiali miscellanei dal XVII-XX sec.), la documentazione del Centenario ariostesco 1933 (raccolta di rassegna stampa delle celebrazioni), oltre a raccolte di opere a stampa su materie d’acqua, opuscoli di interesse ferrarese e pubblicazioni periodiche varie
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